【V和M的疑问】
与第一个秘密相关，为什么在《最后的晚餐》年，耶稣和约翰(或抹大拉的马利亚)面向不同的方向，摆成了V字形，而他们的身体形成了一个字母m，这有什么意义？这和什么符号有关吗？
有人认为耶稣和约翰的身体符号只是说明这里所谓的约翰其实应该是抹大拉的马利亚。V字形象征着圣女的象征(即使是圣杯，毕竟桌子上没有圣杯也是一件非常怪异的事情)，而字母M则代表着抹大拉的玛利亚。显然，无论人们是否同意这个假设，这都是一个非常原创和令人兴奋的解释。
【彼得威胁的手势】
另一个奇怪的特写是，彼得的左手似乎要砍约翰(或抹大拉的)的脖子，一副威胁的姿势。列奥纳多想对我们说些关于彼得的事吗？再仔细看，靠近画面，你会发现很明显，拿刀的手其实是彼得的。虽然看起来很别扭不自然，但是因为右手腕弯曲，看起来不像他的。至于用左手擦约翰脖子的手势，另一种解释是彼得只是想把左手放在对方身上。看来争论还会继续。
【托马斯的一根手指】
在耶稣的左手边，多马面对着耶稣，做了一个伸出手指的手势。按照作者的话说，是约翰的手势造成的。除此之外，托马斯还举起左手的食指，做了一个威胁的手势，也就是普林斯和皮克特所说的约翰的手势。据说他代表了秘密的知识和智慧，相信施洗约翰比耶稣发挥了更重要的作用，并不完全像《圣经》中描述的那样。
【达芬奇的自画像】
撒迪厄斯实际上是达芬奇的自画像，背对着耶稣。撒迪厄斯确实非常接近达芬奇的形象，我们可以拿他和他著名的《自画像》做比较。达芬奇的许多作品都涉及耶稣或神圣家族。在画面构图中，至少有一个人背对着中心人物，这是一个反复出现的问题。
